Em relação aos instrumentos de fiscalização utilizados pelo Tribunal de Contas da União no desempenho de sua função constitucional, a auditoria é utilizada, dentre outros, para
conhecer a organização e o funcionamento dos órgãos e entidades da administração direta, indireta e fundacional dos Poderes da União, incluindo fundos e demais instituições que lhe sejam jurisdicionadas, assim como dos sistemas, programas, projetos e atividades governamentais no que se refere aos aspectos contábeis, financeiros, orçamentários, operacionais e patrimoniais.
examinar a legalidade e a legitimidade dos atos de gestão dos responsáveis sujeitos a sua jurisdição, quanto ao aspecto contábil, financeiro, orçamentário e patrimonial.
suprir omissões e lacunas de informações, esclarecer dúvidas ou apurar denúncias ou representações quanto à legalidade, à legitimidade e à economicidade de fatos da administração e de atos administrativos praticados por qualquer responsável sujeito à sua jurisdição.
examinar, ao longo de um período predeterminado, sob aspecto orçamentário e financeiro, os atos de gestão dos responsáveis sujeitos a sua jurisdição.
avaliar, mediante solicitação do Poder Executivo Federal, o desempenho das empresas Estatais Dependentes quanto aos aspectos da legalidade e legitimidade dos atos praticados.