São diagnósticos diferenciais de toxoplasmose ocular congênita:

Retinoblastoma, sarcoidose e sífilis.

Rubéola, citomegalovírus, toxocaríase e cisticercose.

Sarcoidose, tuberculose, sífilis e coloboma de retina.

Rubéola, citomegalovírus, herpes simples e sífilis.

Artrite reumatóide juvenil, citomegalovirus e tuberculose.