Após a coleta, as células-tronco são processadas, com remoção de eritrócitos e concentração de células mononucleares.
Coletas alogênicas podem ser tratadas com anticorpos para remoção de células T.
Células-tronco CD34+ podem ser selecionadas em coletas autólogas e alogênicas.
Antes da infusão de células-tronco hematopoéticas, os pacientes recebem altas doses de quimioterapia.
A irradiação de corpo inteiro é utilizada em pacientes com doenças benignas.
Altas doses de radioterapia podem destruir a medula óssea nos regimes de condicionamento mieloablativos.