Os tipos de cômodos e sua distribuição em um setor ou departamento de engenharia clínica são variáveis segundo as características dos serviços prestados. De maneira geral, é conveniente contar com uma sala para a chefia, uma secretaria, uma sala para reuniões e biblioteca setorial, uma sala para armazenagem/almoxarifado, uma sala para recebimento e entrega de equipamentos e uma sala para as atividades de manutenção.