A frase inteiramente clara e correta é:

Com espécies que ainda não está bem conhecida, é o extermínio feito em seu ecossistema pelas redes de arrasto da pesca comercial no mar profundo.

Provoca-se muitos danos no ecossistema do mar profundo, pelas espécies que não se conhece bem ainda, feito com redes de arrasto usadas na pesca comercial.

As redes de arrasto que se utiliza na pesca comercial do mar profundo, acaba com espécies que ainda nem bem se conhecem, causando danos.

A pesca comercial, feita com imensas redes de arrasto, provoca danos colossais ao ecossistema do mar profundo, exterminando espécies ainda nem bem conhecidas.

Com o extermínio das espécies do mar profundo, que ainda não está bem conhecida, temos a pesca comercial que são feitas com redes de arrasto.