São vantagens do orçamento-programa, exceto:
Maior determinação das responsabilidades.
Maior compreensão do conteúdo orçamentário por parte do Executivo, do Legislativo e da população em geral.
Dificuldade para identificação de duplicação de funções.
Identificação dos gastos e realizações por programa e sua comparação em termos absolutos e relativos.
Ênfase no que a instituição realiza e não no que ela gasta.