Iniciada, de fato, somente em 1603, com a tentativa frustrada de Pero Coelho de Sousa, a colonização portuguesa no Ceará apresenta características diferentes da colonização de outras áreas vizinhas, como Pernambuco, Alagoas e Sergipe. Dentre essas características, destaca-se
a grande produção de cana-de-açúcar na zona-da-mata litorânea do Ceará e a exportação de açúcar para a Europa.
a ocupação do interior pela pecuária em duas frentes: a do sertão-de-fora, liderada por pernambucanos, e a do sertão-de-dentro, pelos baianos.
a grande atividade extrativista de ouro e pedras preciosas responsável pelo surgimento de várias cidades como Icó, Aracati, Crato e Sobral.
o comércio interno de escravos trazidos da África, já que o porto do Mucuripe era o segundo maior porto de escravos do Brasil, atrás, apenas, do de Salvador.