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Os produtos naturais ou metabólitos secundários derivam de duas vias metabólicas principais, que são:
via do acetil-CoA e via do gluconato.
via do ácido pirúvico e acético, e via do ácido mevalômico.
via do ácido mevalômico, e via do ácido aspártico.
via do ácido pirúvico e acético, e via do acetil-CoA.
via do ácido pirúvico e acético, e via do ácido chiquímico.