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Um estudo realizado com a fauna ameaçada de extinção em Unidades de Conservação federais revelou que a Bahia é o estado com os maiores números de registros de espécies ameaçadas do Brasil. Nos ambientes aquáticos e marinhos, as espécies são afetadas principalmente por:
Superexploração turística e pela contaminação por poluentes
Inversão térmica e aumento de temperatura do solo
Aterros sanitários e aumento do nível dos mares
Introdução de espécies endêmicas e enchentes
Chuva ácida e queimadas