Na técnica de coloração diferencial, são empregados dois corantes contrastantes que vão gerar colorações diferentes em grupos distintos de bactérias. As colorações diferenciais são utilizadas com o objetivo de separação de diferentes grupos de bactérias e visualização de estruturas particulares de alguns grupos desses microrganismos. Os métodos utilizados para cada um desses objetivos são, respectivamente:
coloração de cápsulas e método de Leifson
método de Gram e coloração de Ziehl-Neelsen
método de Gram e técnica de Schaeffer-Fulton
coloração de cápsulas e coloração de Ziehl-Neelsen