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A agropecuária é talvez uma das atividades humanas mais difundidas, e que possui alta capacidade de afetar as águas superficiais e subterrâneas. Nos últimos anos, apresentou um crescente aumento na produtividade e uma acentuada dimunição das perdas associadas, respectivamente ao uso de fertilizantes e agrotóxicos. Os fertilizantes, de modo geral, contêm potássio, nitrogênio e fósforo, além de outros elementos presentes em menores quantidades.
Esses fertilizantes, uma vez aplicados no solo, podem ser arrastados para os corpos d’água superficiais, levando à
invasão de organismos exóticos que são atraídos pela presença de nutrientes, o que determina a extinção da flora e fauna aquática nativas.
contaminação física dos corpos d’água, intoxicando a vida aquática e tornando esse ambiente impróprio para a manutenção de seres vivos.
ocupação irregular das margens dos ambientes aquáticos pela população, uma vez que, devido ao lançamento de nutrientes, há uma grande proliferação de peixes.
superexploração dos recursos biológicos dos ambientes aquáticos, especialmente o aumento na retida de crustáceos bentônicos.
sua eutrofização, comprometendo, assim, a qualidade da água e sua capacidade de manutenção da biota aquática.