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Em 1990, o microbiologista Carl Woese propôs um novo sistema de classificação baseado na análise do RNA ribossômico, dividindo os seres vivos em três domínios: Bacteria, Archaea e Eukarya. Essa proposta revolucionou a compreensão das relações evolutivas entre os organismos.

Nesse sistema de classificação
os domínios Bacteria e Archaea agrupam organismos procariotos, mas diferem quanto à composição da parede celular e características genéticas.
o domínio Archaea inclui apenas organismos multicelulares que vivem em ambientes extremos, como fontes termais e lagos salinos.
o domínio Eukarya é composto principalmente por organismos unicelulares que não possuem núcleo definido.
os organismos do domínio Bacteria são mais próximos evolutivamente dos eucariotos do que dos Archaea.
Archaea e Bacteria compartilham a presença de organelas membranosas e envoltório nuclear.