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O fitoplâncton é amplamente utilizado como bioindicador em programas de monitoramento de ambientes aquáticos, especialmente em áreas úmidas. Isso se deve, principalmente, ao fato de:
Sua rápida resposta às alterações na qualidade da água, como aumento de nutrientes, tornando-o um bom indicador de eutrofização.
Sua função apenas na cadeia alimentar, sem utilidade para avaliação da qualidade ambiental.
Sua baixa sensibilidade às variações ambientais, o que o torna um indicador confiável apenas em longo prazo.
Sua presença exclusiva em ambientes marinhos, não sendo relevante para áreas úmidas continentais.
Sua dependência de habitats terrestres, o que dificulta sua aplicação em ambientes aquáticos.