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A implementação de corredores ecológicos enfrenta desafios que vão além da biologia da conservação, envolvendo complexidades fundiárias e políticas. Em relação aos principais obstáculos na criação desses instrumentos de conectividade, observa-se que:
a baixa densidade populacional em áreas rurais impede a fiscalização dos corredores, tornando-os zonas de livre caça que eliminam o benefício da conectividade para a fauna silvestre
a legislação brasileira proíbe estritamente que corredores ecológicos passem por Áreas de Preservação Permanente (APP), o que obriga a criação de novos fragmentos em terras de alta produtividade
a fragmentação da posse da terra em áreas privadas exige negociações complexas e incentivos econômicos, como o Pagamento por Serviços Ambientais (PSA), para convencer proprietários a restaurar áreas produtivas
o principal desafio técnico é garantir que os corredores sejam perfeitamente retilíneos, pois qualquer curva na vegetação impede o fluxo de genes e a dispersão de sementes por aves migrantes