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Atualmente, o diagnóstico diferencial das viroses Dengue, Zica e Chikungunya pode ser feito pela técnica de transcrição reversa seguida por amplificação em cadeia da polimerase, conhecida por RT-PCR. Esta técnica utiliza sondas fluorescentes específicas para cada um dos vírus, fazendo reações multiplex nas amostras. O parâmetro avaliado neste método para laudar os testes é o ciclo do threshold (CT) da reação de cada sonda na amostra. Na análise dos resultados da RT-PCR multiplex, o CT refere-se
à viremia do paciente; quanto maior o CT, maior a carga viral na amostra para o patógeno da sonda analisada, desde que a reação do controle positivo seja maior ou igual ao valor de CT da amostra.
ao parâmetro de eficiência da reação; reações que não atingem o valor mínimo de CT devem ser reanalisadas antes de serem consideradas negativas.
ao ciclo que a amostra atingiu fluorescência mínima para ser considerada uma amplificação positiva; reações que não atingem CT são negativas para os alvos virais analisados.
ao sinal de fluorescência emitido na reação; reação de controle negativo apresenta CT baixo e reação de controle positivo apresenta CT alto; as amostras dos pacientes devem estar entre estes valores de CT dos controles.