De acordo com Carvalho (2013), “os problemas nas SEI's (Sequências de Ensino Investigativas) devem estar contidos na cultura dos estudantes e serem interessantes a ponto de gerar a busca de uma solução, e ainda, eles podem ser experimentais (laboratório aberto e demonstração investigativa) e não experimentais (questões abertas que podem ser introduzidas por textos, imagens, reportagens etc.). Em ambos os casos, devem proporcionar o teste de hipóteses, a passagem da manipulação/imaginação para a ação intelectual, a estruturação do pensamento e a apresentação das argumentações socialmente. Ao passar por essas fases os alunos devem variar suas ações, oportunizando a estruturação de regularidades no fenômeno estudado...” De acordo com a autora, a sequência adequada das etapas seguintes ao raciocínio científico, presentes nas diferentes atividades das SEI's é:
Elaboração e testes de hipóteses, Argumentação e Solução do problema, produzindo uma explicação.
Argumentação e Solução do problema, produzindo uma explicação e Construção do raciocínio proporcional.
Elaboração e testes de hipóteses, Solução do problema, produzindo uma explicação e Construção do raciocínio proporcional.