Não há nenhuma relação entre a espessura dos cortes
histológicos e a penetração do fluorocromo utilizado para
coloração com as propriedades de transparência do tecido que
forma a amostra, na microscopia confocal. Mas o tempo de
observação deve ser limitado, uma vez que os radicais livres
que são produzidos durante o tempo de excitação dos
fluorocromos danificam as células e tecidos não fixados.