Os macroinvertebrados são animais de diferentes grupos taxonômicos que passam pelo menos parte de sua vida no meio aquático e vivem sobre o substrato, onde apresentam pouco deslocamento. São animais utilizados no biomonitoramento dos sistemas aquáticos, pois apresentam grande variabilidade de tolerância a poluentes. Com relação ao uso desse grupo como bioindicadores, é corretor afirmar:
Vários índices bióticos foram propostos a partir da ocorrência de diferentes famílias de macroinvertebrados, classificando a qualidade da água como excelente quando mais famílias sensíveis estão presentes na ambiente
A ocorrência de grupos de alta tolerância a efeitos poluentes pode qualificar a água como de qualidade ruim, independentemente da ocorrência de famílias sensíveis.
Em sistemas hídricos degradados, os macroinvertebrados não devem ocorrer.
Dentre os macroinvertebrados, os Oligochaeta são caracterizados pela necessidade de ambientes com altos índices de oxigênio dissolvido.
Em geral, as famílias de Díptera são bastante sensíveis a modificações no ambiente, podendo até mesmo desaparecer do local caso o ambiente sofra perturbação severa.