A principal diferença entre as técnicas Southern blot e Northern blot, é que a primeira utiliza gel de poliacrilamida e, a segunda, gel de agarose.
Depois de separadas por eletroforese, em gel de poliacrilamida, as bandas são cuidadosamente cortadas e transferidas para uma membrana de nitrocelulose, onde são hibridizadas com sondas específicas e coradas com brometo de etídio para serem visualizadas sob UV.
Fragmentos de DNA são separados por eletroforese em gel de agarose e tratados com o intercalante brometo de etídio, podendo, assim, serem visualisados sob luz ultravioleta antes de serem hibridizados em papel de nitrocelulose.
A técnica de Southern blot não é sensível o suficiente para detectar polimorfismos que determinam alterações de clivagem, quando as alterações são muito pequenas.