A Lei nº 9433/1997, que instituiu a Política Nacional de Recursos Hídricos, prevê que, além da Agência Nacional de Águas, integram também o Sistema Nacional de Gerenciamento de Recursos Hídricos, as Agências de Água, autorizadas pelo Conselho Nacional de Recursos Hídricos ou pelos Conselhos Estaduais de Recursos Hídricos. Elas exercem a função de secretaria executiva dos respectivos Comitês de Bacia Hidrográfica. A criação de uma Agência de Água é condicionada ao atendimento dos seguintes requisitos:
funcionamento de organizações técnicas e de ensino e pesquisa, com interesse na área de recursos hídricos, bem como o registro de seus gestores e colegiados deliberativos;
prévia existência do respectivo ou respectivos Comitês de Bacia Hidrográfica e viabilidade financeira assegurada pela cobrança do uso dos recursos hídricos em sua área de atuação;
existência de organizações não-governamentais com objetivos de defesa de interesses difusos e coletivos da sociedade e de outras organizações reconhecidas pelo Conselho Nacional ou pelos Conselhos Estaduais de Recursos Hídricos;
prévia existência de consórcios e associações intermunicipais nas bacias hidrográficas de sua área de atuação, bem como o registro definitivo de seus limites fundiários;
prévia existência de associações regionais, locais ou setoriais de usuários de recursos hídricos, bem como previsão orçamentária aprovada pelo IBAMA.