A estrutura do orçamento-programa se situa dentro de uma lógica orçamentária moderna, que concebe o orçamento como instrumento de gestão.
Entre as recomendações úteis para a organização da estrutura programática em uma entidade, uma opção INADEQUADA é que:
a flexibilidade na gestão financeira e de pessoal deve ser expandida na gestão dos programas;
as atividades e os projetos devem ser desenhados em níveis elevados de desagregação;
os programas de despesas em andamento devem ser distinguidos de novos programas de despesas;
os programas devem ser multifuncionais, ou seja, cada programa pode ser vinculado a diferentes funções;
um programa terá mais de um subprograma, e estes serão desmembrados em diversas atividades e projetos.