Desinfetantes e sanitizantes são utilizados em múltiplas situações nas quais existe a necessidade de controlar os microrganismos até níveis considerados seguros. Há grande quantidade de substâncias químicas, de diferentes classes, usadas para essa finalidade. Sobre as substâncias utilizadas nos processos de desinfecção e sanitização, é incorreto afirmar que:
Sanitizante é um termo frequentemente confundido ou usado de forma não apropriada. Refere-se a compostos que reduzem, porém não eliminam completamente, o número de microrganismos em superfícies inanimadas. Os sanitizantes não são substituídos pelos desinfetantes, por frequentemente apresentarem menor eficácia. São referência, no sentido de trazerem os microrganismos a um nível sanitário ou higiênico, mas não indicam, intrinsecamente, a remoção ou a letalidade de grandes números de microrganismos.
Compostos halogenados exercem seus efeitos antimicrobianos por oxidação de pontes químicas críticas, que resultam em perda da função biológica. O composto mais antigo é o hipoclorito de sódio, sendo o desinfetante de excelência em estações de tratamentos para o abastecimento de água e controle de patógenos.
Substâncias químicas, como hipoclorito de sódio, são menos usadas na prática, devido a seus elevados custos, apesar do baixo poder corrosivo.
As biguanidas são agentes desinfetantes utilizados na indústria de alimentos por manipuladores em equipamentos e utensílios, por apresentarem amplo espectro de atuação sobre os microrganismos pela reação com os grupos carregados negativamente das membranas microbianas, alterando sua permeabilidade.