A rotina microbiológica para cultura de fezes deve envolver a pesquisa de agentes bacterianos de acordo com as características epidemiológicas da região. No Brasil, os principais agentes bacterianos isolados e identificados de fezes diarréicas de pacientes ambulatoriais são:
Patotipos diarreiogênicos de E. coli, Salmonella e Yersinia.
Salmonella, Shigella e Clostridioides difficile.
Escherichia coli enterohemorrágica (EHEC), Salmonella, Shigella e Yersinia.
E. coli enterotoxigênica (ETEC), Shigella e Salmonella.
Patotipos diarreiogênicos de E. coli, Campylobacter, Salmonella e Shigella.