O sistema de capitanias fracassou no Brasil como plano político. Por essa razão, em 1548, o instrumento de controle e de governo foi reformulado, instituindo-se o Governo-Geral. Foram características do Governo-Geral:
Subordinação dos agentes coloniais ao Governador-Geral, exceto os donatários, que se subordinavam diretamente aos órgãos da metrópole, aos quais devia prestar contas.
Fiscalização e administração de assuntos relacionados à justiça, à fazenda e aos militares.
Criação do ouvidor-mor e do provedor-mor, com atribuições específicas, e subordinados diretamente ao governador.
Extinção das capitanias e incorporação das atribuições públicas dos capitães no sistema de Governo-Geral.