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A redução da integridade ecológica em ecossistemas naturais pode ocorrer por mecanismos distintos, afetando desde interações tróficas até processos físico-químicos fundamentais. Os impactos que envolvem modificação estrutural e funcional do ambiente, combinados à substituição de componentes bióticos originais por elementos exógenos, correspondem a:
Extração direcionada de organismos de alto valor ecológico ou econômico, comprometendo cadeias alimentares e dinâmicas populacionais.
Acúmulo persistente de compostos contaminantes que induzem modificações nas taxas metabólicas e na resiliência de comunidades.
Deslocamento de zonas de ocorrência de espécies em função de alterações nos gradientes térmicos e hidrológicos, impactando interações interespecíficas.
Estabelecimento de organismos alóctones capazes de exercer pressão competitiva ou predação sobre espécies autóctones, promovendo alterações na configuração e no desempenho do sistema ecológico.