As proteínas podem perder parte de seu valor biológico pela deterioração ou transformação dos aminoácidos dos alimentos. Todos os fatores abaixo constituem agentes físicos e químicos responsáveis pela degradação de proteínas em alimentos, EXCETO:
tratamentos térmicos, provocando reações de desnaturação e complexação com outras substâncias;
acidez elevada, provocando reações de degradação, de adição, de desnaturação e de racemização;
alcalinidade baixa, provocando reações de complexação e de oxidação de grupos funcionais na cadeia polipeptídica;
ação da luz, provocando reações de oxidação e/ou decomposição de alguns radicais nas cadeias protéicas;
oxigênio do ar e outros oxidantes, provocando reações de oxidação de alguns radicais nas cadeias laterais das proteínas.