O fluoreto age, principalmente, durante a desmineralização da estrutura dental, onde os cristais de hidroxiapatita [Ca10(PO4)6OH2], que formam o esmalte, são dissolvidos, liberando íons cálcio, fosfato e hidroxila, quando o pH do meio está abaixo de 5,5 e acima de 4,5. O F, estando presente no meio, se une ao cálcio e fosfato livres, formando um mineral que se chama fluorapatita. Sendo assim, cristais mistos de fluorapatita (FA) e hidroxiapatita (HA) são formados, por isso são chamados de cristais de apatita fluoretada (AF). Assim, considera-se que F paralisa a desmineralização e ativa a remineralização. Sobre o uso do flúor como método preventivo a cárie dentária, quando indicado, a concentração recomendada caso a escolha seja o uso de bochechos semanais é:
0,02%
0,05%
0,5%
0, 025%
0,2%