As lesões endo-perio podem originar-se de lesões periodontais ou endodônticas de forma primária ou constituírem-se lesões combinadas verdadeiras. Para o diagnóstico diferencial dessas lesões deve-se observar que
a dor proveniente de lesões endodônticas geralmente não é controlada por analgésicos potentes, enquanto a de lesões periodontais são.
edemas que ocorrem no fundo de saco ou espalhados pelos planos faciais são característicos de lesões periodontais primárias.
a lesão de origem endodôntica primária responde positivamente ao teste de vitalidade pulpar pelo calor.
nas lesões combinadas os testes pulpares dão resultados positivos e o dente terá profundidade de sondagem em vários locais.
as radiografias periapicais podem determinar a origem da lesão perioendodôntica com segurança.