O fato de o sistema pulpar e o periodontal apresentarem origem embrionária endodérmica comum não corrobora com a etiopatogenia da patologia endoperiodontal.

Independentemente de as lesões endodôntica e periodontal serem primária ou secundária, a cura periapical pode ser alcançada após tratamento endodôntico eficaz, enquanto a cura periodontal pode ou não acontecer, de acordo com a severidade do envolvimento e do grau da perda do ligamento periodontal.

Os microrganismos responsáveis pela doença endodôntica e periodontal são de origem polimicrobiana mista com características aeróbicas, sendo a microbiota da infecção endodôntica mais complexa que a das infecções periodontais.

O tratamento de lesões endoperiodontais verdadeiras deve ser iniciado de forma concomitante, o tratamento periodontal inicial deve preceder ao endodôntico e a obturação radicular independe do término do tratamento periodontal.

A polpa necrótica pode desenvolver fístula com trajeto do ápice até a área de furca e a fistulização distante do ápice, formando uma reabsorção óssea, sugere uma bolsa intraóssea, indicando o envolvimento tipicamente periodontal.