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Existem vários mecanismos patogênicos envolvidos com a determinação das Doenças Transmitidas por Alimentos (DTA). Pode-se agrupar corretamente as DTA em uma das seguintes categorias:
Infecções,quando outros agentes não bacterianos estão envolvidos, como nas intoxicações por metais pesados, agrotóxicos, fungos silvestres, plantas e animais tóxicos.
Toxinfecções, que são causadas pela ingestão de microrganismos patogênicos, denominados invasivos, com capacidade de penetrar e invadir tecidos.
Intoxicações, que são provocadas pela ingestão de toxinas formadas em decorrência da intensa proliferação do microrganismo patogênico no alimento.
Intoxicações não bacterianas, que são causadas por microrganismos toxigênicos, cujo quadro clínico é provocado por toxinas liberadas quando estes se multiplicam, esporulam ou sofrem lise na luz intestinal.