O hipotálamo é responsável pelo comando da endocrinologia em geral, exercendo ação direta sobre a hipófise e indireta sobre outras glândulas, tais como adrenal, gônadas, tireoide, mamárias, e ainda sobre vários tecidos orgânicos. A respeito do controle endócrino dos animais domésticos é correto afirmar que:
A pars nervosa da neurohipófise, é responsável pelo armazenamento e liberação de grelina e lectina e a pars intermedia, inexiste nas aves é uma estreita faixa de tecido entre a pars nervosa e a pars distalis que produz melatonina.
O hipotálamo pode ser dividido em Adenohipótamo e Neurohipotálamo a Pars distalis é a parte distal do adenohipotálamo responsável pela secreção de Hormônio folículo estimulantes, tireoestimulante e luteinizante.
O hormônio adrenocorticotrófico (ACTH) estimula a produção de cortisol, corticosterona e hormônios sexuais masculinos, já nas suprarrenais ocorre estímulo da aldosterona pela angiotensina II.
O ritmo de secreção da melatonina é controlada pela hipófise, sendo liberada no através do estímulo da vasopressina, sua base química é o triptofano, que por transformações sucessivas (enzimáticas) dá origem à melatonina.