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O sucesso na captura de morcegos está condicionado aos métodos utilizados, ao conhecimento prévio de fontes alimentares e dos abrigos existentes. Atualmente, no Brasil, em estudos sobre biodiversidade, o método de captura mais utilizado é:
aparelhos eletromagnéticos.
redes de neblina (mist-nets).
anestésico.
contenção manual.
dedetização.