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De acordo com a Resolução RDC nº 724/2022 e a Instrução Normativa nº 161/2022, a definição dos critérios microbiológicos aplicáveis aos alimentos tem como finalidade principal:
estabelecer limites exclusivamente para microrganismos deteriorantes, com foco na vida de prateleira dos alimentos
classificar microrganismos patogênicos e indicadores, definindo planos de amostragem e critérios de aceitação ou rejeição dos alimentos
substituir as ações de inspeção sanitária por programas de autocontrole baseados apenas em análises microbiológicas realizadas pelo próprio estabelecimento
diagnóstico microbiológico, dispensando a aplicação de requisitos de boas práticas e controles operacionais