Todos os órgãos, à exceção da Reitoria, dos Centros de Ensino e dos Departamentos de Ensino, estão vinculados a pelo menos uma Pró-Reitoria.

O Centro Universitário Norte do Espírito Santo (CEUNES) compõe a UFES formalmente, mas tem independência administrativa e não se subordina à Administração Central da Universidade.

Os Centros de Ensino dividem-se em subunidades denominadas Departamentos, cujos chefes serão, automaticamente, membros do Conselho Departamental desse Centro.

A Prefeitura Universitária é um órgão suplementar da UFES, subordinado à Pró-Reitoria de Administração.

A Biblioteca Central é o único órgão suplementar da UFES subordinado a duas Pró-Reitorias simultaneamente: a de Graduação (PROGRAD) e a de Pesquisa e Pós-Graduação (PRPPG).