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Além dos grandes bancos de dados gerados por atividades de outros setores (Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística-IBGE, Instituto de Pesquisa Econômica Aplicada-IPEA, etc) e estudos amostrais realizados por universidades e outras instituições, o SIS é composto por diferentes Subsistemas. Não é um subsistema:
SIM – Sistema de Informações sobre Mortalidade.
SISPAC – Sistema do Programa de Avaliação da Criança.
SINASC – Sistema de Informações sobre nascidos vivos.
SISVAN – Sistema de Vigilância Alimentar e Nutricional.