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O tratamento químico da água, em conjunto com o sistema de filtragem tem-se tornado parte integrante de um sistema de irrigação localizada tipo gotejamento. A cloração é o mais consagrado tratamento químico utilizado para controlar a população microbiana que se desenvolve no interior das tubulações e pode entupir os emissores. Recomenda-se os seguintes teores de cloro para controlar o desenvolvimento de Algas no interior da tubulação da irrigação localizada:
0,5 a 1,0 mg L-1 em forma contínua ou 20 mg L-1 por 20 minutos.
30 mg L-1 em forma contínua.
35 mg L-1 em forma contínua.
45 mg L-1 em 5 minutos.
50 mg L-1 em 2 minutos.