A promoção do Desenvolvimento Sustentável enquanto política pública apresenta desafios que precisam ser enfrentados e superados. No que se refere à realidade atual do Estado do Amapá pode ser considerado como desafio:
o isolamento geográfico uma vez que o Amapá não possui nenhuma via de comunicação com os demais estados do Brasil.
a excessiva concentração demográfica nos municípios de Macapá e Santana, pressionando os serviços sociais ligados à educação, à saúde e ao saneamento básico.
a falta de áreas adequadas para o desenvolvimento do setor produtivo.
a exploração predatória que provocou o esgotamento dos recursos minerais em todo o Estado.
a baixa densidade populacional, considerada uma das menores do Brasil.