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O protocolo Z39.50, em bibliotecas, é utilizado de forma ampla para:
Armazenar metadados no formato exclusivo Dublin Core.
Garantir a integridade dos metadados de arquivos digitais.
Proteger informações sensíveis e sigilosas em repositórios digitais.
Implementar serviços prioritários de empréstimos interbibliotecas.
Realizar busca e recuperação de informações em sistemas heterogêneos de bibliotecas.