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A fase aguda da doença de Chagas é diagnosticada pela detecção de formas tripomastigotas de Trypanosoma cruzi, por meio da observação microscópica de amostras de sangue ou pelos métodos indiretos. Já na fase crônica, a infecção chagásica apresenta parasitemias sanguíneas, usualmente muito baixas e irregulares. Dessa forma, a detecção parasitológica do T. cruzi nesta fase é feita por métodos indiretos conhecidos por:
Hemocultura e xenodiagnóstico.
Xenodiagnóstico e exame a fresco.
Preparações coradas e hemocultura.
Exame a fresco e preparação corada.