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Para que ocorra um adequado gerenciamento de toda a bacia hidrográfica são necessários, além dos estudos sobre erosões, assoreamento e desmatamento, análises físico-químicas e biológicas que apontem possíveis contaminações das águas. Os parâmetros físico-químicos mais utilizados são:
pH, oxigênio dissolvido, demanda química de oxigênio e turbidez.
fosfato, nitrogênio amoniacal, nitrato-nitrito e coliformes totais.
coliformes totais, coliformes fecais, pH e turbidez.
demanda bioquímica de oxigênio, demanda química de oxigênio, oxigênio dissolvido e coliformes totais.
coliformes termotolerantes, pH, fosfato e oxigênio dissolvido.