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Os compostos biodegradáveis devem ser utilizados preferencialmente aos não biodegradaváeis, mas mesmo assim os primeiros são passíveis de cuidados, uma vez que
alguns dos microrganismos que atuam na decomposição podem causar doenças e produzir gases nocivos.
alguns desses resíduos só se decompõem sob condições de anaerobiose, liberando assim gases fétidos para a atmosfera.
o tempo de degradação sempre é inferior a poucas semanas, havendo o risco de depauperação do nitrogênio do solo.
a massa dos subprodutos da biodegradação pode ser carreada para rios através de tubulações, entupindo-as e causando assoreamento dos corpos d’água.
nem sempre ocorre a desintegrabilidade do produto original, fazendo com que esse material forme agregados de difícil estabilização.