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O teste molecular RT-qPCR, reação de transcrição reversa seguida da reação em cadeia da polimerase, em tempo real, é o teste padrão-ouro utilizado no diagnóstico da Covid-19. Por meio desse teste, o RNA do SARS-CoV-2 é detectado na amostra analisada, obtida preferencialmente por raspado da nasofaringe do paciente. As características específicas deste teste são:
na qPCR, o valor do ciclo de quantificação (Ct - cycle threshold) é inversamente proporcional à quantidade de sequências de ácido nucleico na amostra original. Portanto, quanto maior a carga viral, menor será o valor do Ct da amostra.
o limiar da reação (threshold), em reações quantitativas da qPCR, deve ser traçado no nível em que todas as curvas de amplificação, de todas as amostras em teste, estão na fase linear.
na RT-PCR, a temperatura ótima de atividade da enzima transcriptase reversa deve ser superior à da DNA polimerase (Taq polimerase).
para uma maior eficiência da reação de qPCR, o tamanho do amplicon (fragmento amplificado) deverá ser superior a 1000 pb (pares de base).