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Na luz de diferentes órgãos cavitários do ser humano, são encontrados, muitas vezes, alguns flagelados parasitos pertencentes a distintos grupos filogenéticos. No entanto, apenas duas espécies são patogênicas:
Trichomonas vaginalis e Giardia duodenalis.
Leishmania donovani e Phlebotomus argentipes.
Taenia solium e Ancylostoma duodenale.
Entamoeba histolytica e Giardia intestinalis.
Hymenolepis nana e Trichuris trichiura.