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Os substratos são geralmente um importante parâmetro para se conseguir maior controle dentro dos processos de fermentação por estarem, quase sempre, associados à inibição do crescimento e ao aumento da eficiência do fluxo de carbono, pela redução da quantidade de produtos derivados formados, e a quantidade de dióxido de carbono envolvido. Dentre as fontes de carbono que estão presentes nos substratos Lígno-celulósicos, estão:
palha, bagaço cana, resíduos madeira.
subproduto da fabricação do açúcar.
cevada, trigo, milho.
cana-de-açúcar, sorgo sacarino.
soja, algodão, palma.