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A realização da análise microscópica é fundamental em estudos citológicos. Na rotina da microscopia são utilizadas as colorações que ajudam a identificar, com mais especificidade, estruturas microscópicas. Para esta finalidade, foram desenvolvidas, ao longo do tempo, inúmeras soluções de corantes e de misturas de corantes, que têm afinidade por componentes acidófilos ou basófilos da célula. Um exemplo de corante que tem afinidade por uma estrutura basófila em uma célula é
a eosina, que tem afinidade pelo núcleo.
o azul de toluidina, que cora o citoplasma.
o azul de metileno, que cora a mitocôndria.
o lugol, que tem afinidade pelos vacúolos.
a hematoxilina, que cora o núcleo celular.