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Os micrótomos tem um mecanismo pelo qual se pode controlar a espessura dos cortes a serem obtido. Com raras exceções, quanto mais fino o corte, melhor os resultados. Em geral trabalha-se com cortes entre:
1 µm e 3 µm.
3 µm e 5 µm.
5 µm e 7 µm.
7 µm e 9 µm.