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A PCR gera cópias com alta especificidade. Contudo, ainda é possível que alguma parte do genoma fora do interesse seja amplificada, o que compromete o produto, podendo gerar resultados duvidosos. Contudo, uma modalidade de PCR pode melhorar consideravelmente os produtos da PCR com a utilização de primers externos em uma primeira amplificação e primers internos para amplificar os produtos da primeira PCR. Essa modalidade de PCR é a
nested PCR.
PCR multiplex.
PCR em tempo real.
RT PCR.
PCR quantitativa.