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Estudos filogenéticos indicam que os fungos descendem de um ancestral flagelado. Embora a maioria das espécies de fungos não possua flagelos, duas linhagens com posição mais basal na filogenia ainda apresentam essa característica. São linhagens de fungos com flagelo:
Zigomicetos e basidiomicetos.
Ascomicetos e glomeromicetos.
Criptomicetos e quitrídeos.
Deuteromicetos e microsporídios.
Mixomicetos e oomicetos.