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A hipótese do refúgio pleistocênico para a Amazônia sugere que a diversidade de espécies na região foi influenciada pela:
Estabilidade climática durante o Pleistoceno, que permitiu a manutenção de habitats uniformes.
Formação de barreiras geográficas temporárias, que promoveram a especiação alopátrica.
Expansão de habitats abertos, que reduziu a biodiversidade.
Influência humana precoce, que alterou significativamente a composição de espécies.
Dispersão de espécies devido à formação de pontes de terra.