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As embriófitas incluem briófitas, pteridófitas, gimnospermas e angiospermas. Esses grupos apresentam relações filogenéticas, representadas simplificadamente no desenho a seguir.

(Raven. Biologia Vegetal, 2014. Adaptado)
No desenho, os números indicam novidades evolutivas e podem ser substituídos, corretamente, por
1 – cloroplastos com grana bem desenvolvidos; 2 – traqueídes com paredes diferencialmente espessadas.
1 – células reprodutoras com flagelos; 3 – xilema e floema secundários.
1 – embrião multicelular desenvolvendo-se no arquegônio ou saco embrionário; 3 – semente.
2 – xilema e floema secundários; 3 – quatro a dezesseis núcleos no saco embrionário.
3 – traqueídes com paredes diferencialmente espessadas; 4 – sementes.